Elle comporte trois départements et un service clé pour la conduite des programmes et projets, subdivisés en services ainsi qu’il suit :
Département des Infrastructures, des Industries et des Mines (DIIM)
Service des infrastructures de transports et de télécommunications
Service de l’hydraulique et de l’énergie
Service de l’industrie et des mines
Département du Développement Rural (DDR)
Service de l’agriculture et de l’élevage
Service de l’environnement et de la pêche
Département des Affaires Administratives et Financières (DAAF)
Service du personnel
Service de la comptabilité et du patrimoine
Service des affaires juridiques et du contentieux
Services rattachés à la Direction générale
le Bureau central des études et projets (BCEP)
l’Audit interne
le Service de la documentation, de l’information et des relations publiques (SDRIP)
le Secrétariat particulier